HumanDoodlome

[Компьютерная реконструкция амфитеатра в Фиденах, крушение которого в 27 году н.э. унесло 20'000-50'000 жизней]

Вдохновлено постом про крупнейшие инженерные ошибки

А точнее, вот эта часть:

> Обрушение «Сампунга» стало крупнейшей техногенной катастрофой и оставалось таковой вплоть до 11 сентября 2001 года.
> 1500 человек (502 человека так и не спасли)
> крупнейшей техногенной катастрофой
> до 11 сентября 2001 года

Боюсь, что вынужден исправить автора.

Крупнейшая катастрофа подобного рода, насколько мне известно, имела место задолго до 1986, когда рухнул Сампунг.

Сегодня я расскажу о крушении стадиона в Фиденах, произошедшее в 27 году н.э.

Как и в случае с Сампунгом, причиной катастрофы стала жажда наживы.
Во время правления Тиберия, в Риме были приостановлены гладиаторские бои, чем решил воспользоваться предприимчивый либертин Атилий. Неподалёку от Рима он возвёл собственный амфитеатр, готовый принять изголодавшуюся по зрелищам публику.

Но Атилий не собирался построить что-то впечатляющее и на века, как любили многие состоятельные римляне. В принципе, он и не был особо состоятелен, и экономил на строительстве как мог. Здание было деревянным, построено на дешёвой земле, с жалким фундаментом и шаткими опорами. Целью здания было продать как можно больше билетов и собрать как можно больше денег, безопасность зрителей, возможно, вообще не приходила на ум Атилию.

В день открытия, здание было переполнено, и обрушившись, погребло под собой  не только зрителей внутри, но и собравшихся снаружи людей, которым не хватило места. Долгое время после обрушения из завалов разносились крики и стоны, в которых многие узнавали голоса друзей и родственников. В отсутствие средств связи, сильно переживали все те, чьи родные были в отъезде, поскольку нельзя было быть точно уверенным, что они не посетили фатальные игры. При разборе руин люди едва могли опознать обезображенные тела.

Согласно Тациту, в тот день погибло и было изувечено 50'000 человек, согласно Светонию -- 20'000. Подобные потери были катастрофичные не поле боя, и тем более ужасающи среди мирного населения.

После крушения сенат принял закон, по которому на организаторов гладиаторских боёв налагался имущественный ценз в 400'000 сестерций, и амфитеатры можно было возводить только при условии экспертизы фундамента. Атилий был отправлен в изгнание.

Трагедия в Фиденах, как пишет Тацит, объединила народ. И как во времена ушедшей республики знаит помогала лекарствами и врачами раненым на поле боя, так в 27 году они оказывали посильную помощь пострадавшим. Последовавший за крушением крупнвй пожар в Риме сильно сказался на репутации Тиберия. Суеверные римляне видели в этих двух бедствиях плохие предзнаменования, винили императора незадолго до этого уехавшего в свою виллу на Капри, а в его попытках материально возместить ущерб видели проявление чувства вины.

Источники:

Failure at Fidenae: Understanding the site of the largest structural disaster of the Roman world

Тацит о крушении в Фиденах

Светоний о крушении в Фиденах

Рыба паникует при предъявлении Schreckstoff-сигнала: сначала мечется, а затем замирает на дне.

Такую реакцию у рыб вызывает загадочный Schreckstoff-сигнал, выделяющийся при смерти сородича. Известно, что рыбы чуют этот сигнал, но предыдущие попытки найти его химический носитель проваливались.

В недавно опубликованной статье NatureComms сообщается, что Schreckstoff удалось воспроизвести с помощью бактериальных лизатов, приготовленных из обитателей рыбьей микрофлоры. Похожую реакцию вызывал экстракт рыбьей кожи. Что интересно: экстракты безбактериальных рыб приводят к более яркому метанию, тогда как от бактериальных лизатов рыбы мечутся меньше и больше замирают. Авторы из-за этого предполагают, что за некоторые аспекты Schreckstoff ответственны бактерии, а за другие — сами рыбы.

Ещё один вопрос — как вообще Schreckstoff мог закрепиться в ходе эволюции? Какой толк отдельной рыбе, которую уже съели, от того, что произойдёт после её смерти? Возможно, Schreckstoff закрепился не как целенаправленный сигнал сородичам, а как побочный продукт иммунитета. Среди кожных клеток у рыб встречаются "club cells" (клетки трефы?) которые, способны поглощать другие клетки, слизь и бактерии. При внезапной и жестокой смерти они рвутся и высвобождают содержимое, которое окружающие рыбы в ходе многих поколений научились распознавать как подсказку о близкой угрозе.

Рыбья кожа под микроскопом (зелёный) , в которой club cells можно отличить по наличию в них бактерий (красный)

Статья

Заметка о статье

Помимо этого, драг-дизайн находится в глобальном творческом тупике: всё сложнее придумать что-то новое. Весь низко висящий виноград уже собран, а чтобы дотянуться до верхних веток приходится тратить в разы больше, и при этом никто не гарантирует успех.

Но отечественным учёным похоже удалось разрешить эту проблему. В начале сентября Nature Biotechnology опубликовала статью "Deep learning enables rapid identification of potent DDR1 kinase inhibitors" ("Глубокое обучение позволяет быстро определять возможные ингибиторы DDR1 киназы"). Название в принципе хорошо раскрывает суть происходящего. Авторы утверждают, что за 46 дней придумали, синтезировали и экспериментально проверили действие 6 новых препаратов от фиброза лёгких.

Добиться таких успехов они смогли благодаря разработанной ими ИИ-платформе GENTRL. Знатоки машинного обучения могут найти оригинальную статью и написать в каментах, насколько GENTRL ИИ или не-ИИ. Я же скажу, что с помощью этой штуки удалось совершить то, с чем не справился бы ни один человек, а у группы людей заняло бы годы.

Рис.1 — Cтоимость вывода нового препарата на рынок, разбитая по стадиям разработки. WIP (work in progress) — cколько нужно продуктов на этой стадии разработки, чтобы один из них вышел на рынок. Все затраты обозанчены в $ млн. В данной оценке не учитываются затраты на поиск новых таргетов и расходы компании, не связанные с RnD (например, з/п остальных отделов). Модель составлена по данным о 13 крупных фармкомпаниях. GENTRL относится преимущественно к стадии Target-to-hit

Сурс

Итак, GENTRL. C точки зрения техники, это "variational autoencoder" — нейросеть, которая позволяет, получив вход, дать похожий на него выход, но с некоторой вариацией, которую может задать её оператор. Например, имея фото лица, нарисовать на нём очки. Подробнее об этом типе сетей здесь.

Чтобы обучить GENTRL и фильтровать её (его?) выдачу, учёные использовали 6 баз данных, среди которых были базы, содержащие структуры сотен миллионов веществ, структуры известных DDR1-киназ и информацию из патентов.

Изначально GENTL произвела 30к потенциальных лекарств, из которых после нескольких раундов фильтрации и тестов была отобрана одна наиболее перспективная молекула (Рис.2).

Рис.2 — из 30'000 молекул, сгенерированных GENTRL для ингибирования DDR1-киназы учёные отобрали одну самую перспективную, пропустив всю выдачу через различные фильтры и эксперименты.

Некоторым эта статья может показаться скучной, но это только до тех пор, пока они не задумаются о её значении для всей индустрии. GENTRL — первый, но вряд ли последний пример дизайна лекарств с помощью ИИ. В статье показаны только одна мишень, и только одна молекула прошла полный набор доклинических исследований. Но теоретически подобные пайплайны могут быть применены ко многим заболеваниям, выдавая десятки перспективных молекул. У такой парадигмы есть все шансы прочно укорениться и изменить весь ландшафт индустрии.

Низкие издержки на RnD позволят множеству игроков войти в эту отрасль и соревноваться с биг фармой. Лучшее перестанет быть врагом хорошего: разработка менее токсичных и более эффективных аналогов существующих лекарств станет финансово оправдана. Со сниженной стоимостью разработки больше редких заболеваний получат собственные, специфические препараты. И как всегда, рост конкуренции должен отразиться падением цен.

Напоследок я бы хотел отметить, что в данной публикации Nature больше дюжины авторов живут и работают в России. В этом плане статья уникальна (буду рад, если кинете в каменты статьи из группы Nature, где тоже внезапно куча русских). Если несложно, то твитаните оригинальную статью: так вы повысите её Altmetric Score и порадуете аторов.

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0224-x

На той неделе сидели мы с другом да слушали музыку. Дошли до песни Металлики "All nightmare long", у которой весьма интересный клип.

Для тех, кто его не видел: советские ученые находят в воронке Тчнгзкого (sic!) метеорита споры, которые ускоряют исцеление ран и даже возвращают мертвых к жизни. Через некоторое время споры переделали в биологическое оружие для установления коммунизма на отдельно взятой планете.

Ну, фантастика, да. Посмеялись.

Но не всё так просто. Недавно по Культуре прошёл научпок сериал "Холод". Во 2й серии, где-то начиная с 27', идёт рассказ про тюменских учёных, которые в 2004 выделили "Bacillus Frost" — древнюю реликтовую бактерию из вечной мерзлоты. Эта бактерия у лаб животных не только ускоряет заживление ран, но и улучшает репродуктивную функцию и рост мышц.

Ладно, это просто же документалка. Есть ли что-то за всеми этими заявлениями?

Оказывается, правда есть нормальные публикации по этой Bacillus cereus Strain F, которые ищутся по именам авторов Brouchkov и Malnikov в пабмеде. Вот, например, статья про заживление ран: PMID28948546

А вот про геном этой чудо-бактерии: PMC3731846

А вот про то, как её метаболиты влияют на выработку человеческих цитокинов: PMID28726195

На применения бактерии выпущен ряд патентов: WIPO WO/2012/060729, RU 2413760, UA 96709, UA 101781, UA 102047, UA 103574, UA 10560

В Японии из Bacillus F уже делаются пробиотики — добавки к питанию

Согласно вот этой новостной заметке из 2015 один из исследователей вколол (?) себе Bacillus F и перестал болеть и стал работать дольше

Весьма круто, как по мне.

Но это всё старости, а написать эту заметку меня сподвигла новость по теме:

В Швеции начались клинические исследования генно-модифицированной бактерии, ускоряющей заживление ран при нанесении.

Вот такие дела. Весьма недооценённая тема в биогеронтологии эти бактерии. Все думают, что победа над старостью будет из себя представлять что-то связанное с модификацией генома, наномашинами, какими-то лекарствами, цифровизацией сознания... А теперь ещё есть вариант, что люди будут обмазываться бактериями из мерзлоты или ещё откуда.

Никогда не понимал, как такие ошибки совершаются. Надо было склепать картинку за 20 секунд до эфира? Автор был абсолютно уверен в своих ошибочных знаниях и даже не перепроверил, почему ЕАО не на Востоке, когда репортаж о Востоке? Надо было подставить редактора? Как?